Una più recente, piccola chiesa con un basso tetto in cemento, copre parzialmente oggigiorno i resti della basilica paleocristiana. Pavimenti di mosaici decorati con motivi geometrici e molti supporti architettonici sono conservati nella basilica. C’è anche una cripta di valore sotterranea dentro la chiesa, dove le reliquie di San Isidoro e San Myrope (che furono martiri in Chios durante il periodo paleocristiano) furno in passato custodite.

La basilica paleocristiana di San Isidoro fu costruita sui resti di una precedente struttura romana. Secondo la tradizione, la chiesa fu costruita durante il regno di Costantino IV Pogonatos, nella seconda metà del settimo secolo. Subì parecchie riparazioni nel corso della sua lunga storia, probabilmente durante l’occupazione franca, alla fine del periodo bizantino e nei tempi moderni. Cinque fasi architettoniche – la cui più antica risale al 5 secolo – furnono distinte nell’edificio, che fu rovinato nuovamente dal terrmoto del 1881.

G. Soteriu ha fatto i primi scavi di ricerca nel sito nel 1918, continuati da A.Orlados nel 1928. Altri scavi furono condotti nell’estate del 1981 e 1982, dal terzo Eforate delle antichità bizantine.

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